Skólastarf á Akureyri á sér langa sögu en heimildir eru fyrir því að formlegt skólastarf af hálfu Akureyrarbæjar hafi hafist á Akureyri árið 1871, fyrir rúmum 150 síðan. Skólinn var fyrst í Aðalstræti og þar stunduðu um 20 nemendur nám, alls staðar af Akureyri. Leiðin í skólann í Innbænum var löng og erfið fyrir börnin af Oddeyrinni enda ekki uppfyllingar á sjónum eins og nú á dögum. Foreldrar á Oddeyri fóru því fram á það við bæjarstjórn að fá sérstakan skóla á Oddeyrina við lítinn hljómgrunn fulltrúa í bæjarstjórn. Þó er talið að skóli hafi verið starfræktur í nokkrum húsum á Oddeyri frá 1879-1900. Árið 1879 er talið að rekinn hafi verið einkaskóli í Norðurgötu 7 en það hús síðar flutt í Fróðasund 10A. Þá var skólinn í Strandgötu 23 en það hús stendur nú við Lundargötu 2. Þá var skólinn nokkur ár í Strandgötu 13 en fluttist svo í Strandgötu 39 en þau hús brunnu síðar. Árin 1898-1900 var Oddeyrarskólinn til húsa í Norðurgötu 17 en það hús stendur enn nánast í upprunalegri mynd. Hugsanlegt er að gamli Oddeyrarskólinn hafi verið til húsa á fleiri stöðum á Oddeyrinni á þessum tíma.
Árið 1900 var tekinn í notkun nýr barnaskóli á Akureyri í Hafnarstræti 25, undir brekkunni og milli bæjarhlutanna Innbæjarins og Oddeyrarinnar. Þar var skólinn til ársins 1930 þegar Barnaskóli Akureyrar flutti í nýtt húsnæði, Rosenborg, uppi á Brekkunni. Akureyringum hafði þarna fjölgað og orðið þröngt í Hafnarstræti 25. Nýja húsnæðið var vel búið á mælikvarða þess tíma og öll aðstaða til kennslu betri og fjölbreyttari. Akureyri stækkaði og upp úr 1950 var farið að huga að byggingu nýs skóla á Oddeyrinni.
Bygging Oddeyrarskólans á þeim stað sem hann er í dag hófst árið 1955 og tók hann til starfa haustið 1957. Það var þó ekki fyrr en 7. desember að fyrsta áfanga lauk og skólastarf hófst í nýju húsnæði. Fram að því var skólinn til húsa að hluta til í Barnaskóla Akureyrar en síðan annan hvern dag í Leikvallarhúsinu á Oddeyri og í Verslunarmannahúsinu við Gránufélagsgötu.
Fyrsti áfangi skólans samanstóð af einnar hæðar byggingu sem liggur í austur og vestur en þar voru fjórar kennslustofur. Auk þess var lítil álma til suðurs sem innihélt m.a. kennarastofu og skrifstofu skólastjóra en Frístund er nú starfrækt í þessum hluta. Fyrstu árin var kennt í kennarastofunni svo þá voru fimm kennslustofur en skólinn var þrísetinn fyrsta árið með 237 nemendum en þá sóttu nemendur skólann á mismunandi tíma dagsins. Viðbótarbygging á þremur hæðum í vesturenda var byggð nokkrum árum síðar og neðsta hæðin tekin í notkun 1962. Lágreist viðbótarbygging er samtengd vesturálmunni en þar var gert ráð fyrir heilsugæslu og snyrtingu en nú er þar forstofa og inngangur að íþróttahúsi. Nemendur voru flestir á árunum kringum 1970 en þá voru þeir tæplega 500. Árið 1994 var byggt íþróttahús við skólann og í kringum aldamótin 2000 var byggð starfsmannaálma og nýjar kennslustofur norðan við elsta hluta skólans. Síðustu ár hafa nemendur skólans verið tæplega 200 talsins. (Eiríkur Sigurðarson, 1992. Barnaskóli á Akureyri í 100 ár. Akureyri: Fræðsluráð Akureyrar).
Skólastjórar hafa frá upphafi verið sex talsins:
1957 – 1967 Eiríkur Sigurðsson
1967 – 1995 Indriði Úlfsson
1995 – 2001 Úlfar Hauksson
2001 – 2012 Helga Hauksdóttir
2012 – 2019 Kristín Jóhannesdóttir
2019 – Anna Bergrós Arnarsdóttir
Síðast uppfært 18.10 2022
